In 1958 trad hij uit en ontwikkelde zich tot religiecriticus. Eén van zijn bekendste uitspraken: “Wie in God gelooft, hoeft niet bang te zijn en wie niet in God gelooft hoeft helemaal niet bang te zijn.” Met zijn kritische denkhouding en eruditie is Vermeersch van grote betekenis geweest voor het publiek debat in Vlaanderen. Zo liep hij voorop in het debat over abortus, het recht op anticonceptie en op euthanasie.
De laatste jaren waarschuwde Vermeersch, zelf kinderloos, onvermoeibaar voor het probleem van mondiale overbevolking. Hij pleitte voor geboortebeperking én consumptiebeperking, zeker in rijke landen. Zijn kritiek op christendom en islam leverde Etienne Vermeersch ook vijanden op. In 2008 werd hij door 100 prominente Vlamingen uitgeroepen tot de belangrijkste intellectueel van Vlaanderen.